Ústav vznikol postupnou transformáciou z Laboratória teoretickej a aplikovanej mechaniky (1956), Ústavu technickej kybernetiky (1966) a Ústavu počítačových systémov (1991).
S účinnosťou od 1.1.1999 sa uskutočnila zmena názvu na Ústav informatiky.
S účinnosťou od 1.7.2001 sa k Ústavu informatiky SAV pričlenil Ústav teórie riadenia a robotiky SAV.
1953 Založenie Slovenskej akadémie vied
1956 vznik Laboratória teoretickej a aplikovanej mechaniky
1966 transformácia Laboratória na Ústav technickej kybernetiky
1991 UTK rozdelené na tri ústavy:
- Ústav počítačových systémov UPS
- Ústav teórie riadenia a robotiky UTRR
- Ústav automatizácie a komunikácie UAKOM v Banskej Bystrici
1994 Ústav automatizácie a komunikácie bol pripojený k Ústavu teórie riadenia a robotiky
1999 transformácia Ústavu počítačových systémov na Ústav informatiky
2001 Ústav teórie riadenia a robotiky pripojený k Ústavu informatiky
60 rokov informatiky na Slovensku: Stála výstava dejín výpočtovej techniky na Slovensku