Spolupráca s univerzitami sa na Ústave informatiky SAV rozvíja v niekoľkých smeroch:
- spolupráca na riešení spoločných projektov,
- priama účasť na pedagogickom procese v základnom a doktorandskom štúdiu,
- účasť na činnosti fakúlt,
- vedenie diplomových a dizertačných prác a príprava postgraduálnych študentov.